Fakultas Pertanian pada saat didirikan memiliki dua jurusan yaitu Jurusan Pertanian dan Jurusan Kehutanan. Jurusan Pertanian saat itu memiliki empat departemen yaitu Departemen Agronomi, Hama dan Penyakit, Tanah dan Sosial Ekonomi Pertanian (SK Dekan Fakultas Pertanian Kehutanan UNPATTI No. 1/KPTS/FPK/1976).
Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No 105/DIKTI/KEP/1984 tanggal 21 Agustus 1984 tentang jenis dan jumlah Program Studi disetiap Jurusan pada Fakultas di lingkungan Universitas Pattimura maka Departemen berubah menjadi Program Studi yaitu Prodi Agronomi, Hama dan Penyakit, Ilmu Tanah dan Sosial Ekonomi Pertanian yang bernaung dibawah Jurusan Budidaya Pertanian, Fakultas Pertanian Unpatti.
Kemudian tahun 2007, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional No: 163/DIKTI/KEP/2007, tanggal 20 November 2007 tentang Penataan dan Kodefikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi dan Izin Operasional Rektor Unpatti Nomor 106/H13/SK/2009 Tanggal 18 Maret 2009 maka terjadi perubahan nama dari program studi Sosial Ekonomi menjadi program studi Agribisnis. Pada saat itu program studi Agribisnis masih bernaung dibawah jurusan Budidaya Pertanian. Kemudian tahun 2013, berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Pattimura Nomor : 204B/UN13/SK/2013, ditetapkan jurusan baru pada Fakultas Pertanian yakni Jurusan Agribisnis. Sehingga program studi Agribisnis saat ini telah bernaung di bawah jurusan Agribisnis.